Performance comparison of gel and capillary electrophoresis-based microsatellite genotyping strategies in a population research and kinship testing framework

Objetivo: El avance de las técnicas moleculares en una era en la que la secuenciación de alto rendimiento ha revolucionado la biología, vuelve obsoletas las alternativas anticuadas a los métodos de alto rendimiento. Sin embargo, estas técnicas moleculares avanzadas aún no son accesibles para los laboratorios de regiones económicamente desfavorecidas que aún obtienen perfiles de ADN mediante técnicas basadas en gel. Para explorar si las técnicas rentables pueden producir resultados tan robustos como los obtenidos mediante métodos de alto rendimiento, comparamos el rendimiento de los datos genómicos derivados de la electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) y la electroforesis capilar (CE) en la estimación de la diversidad genética e inferir el parentesco utilizando 70 individuos de lenguado fino (Paralichthys adspersus) seleccionados de una población de criadero y genotipados para cinco loci microsatélites. Resultados: Aquí, mostramos que los conjuntos de datos genómicos derivados de PAGE y CE producen niveles comparables de diversidad genética con respecto a las medidas de diversidad alélica y la heterocigosidad. Sin embargo, el parentesco inferido de cada conjunto de datos mostró que la categorización de las díadas en las diferentes categorías de parentesco difería considerablemente. Esto sugiere que, si bien los científicos pueden utilizar con fiabilidad los datos genómicos derivados de PAGE para estimar la diversidad genética, no pueden utilizarlos para las pruebas de paternidad. Los hallazgos podrían ayudar a los laboratorios dedicados a la investigación poblacional a no desanimarse de utilizar el sistema PAGE si no se dispone de tecnologías de alto rendimiento y el método es adecuado para abordar la cuestión biológica.