DNA barcoding in the Southeast Pacific marine realm: Low coverage and geographic representation despite high diversity

Jorge L. Ramirez, Ulises Rosas-Puchuri, Rosa Maria Cañedo, Joanna Alfaro-Shigueto, Patricia Ayon, Eliana Zelada-Mázmela, Raquel Siccha-Ramirez, Ximena Velez-Zuazo

Producción científica: Contribución a una revistaArtículorevisión exhaustiva

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Resumen

El Pacífico Sudeste comprende dos Grandes Ecosistemas Marinos, la Costa del Pacífico Centroamericano y el Sistema de la Corriente de Humboldt; y es uno de los menos conocidos en las subregiones tropicales en términos de biodiversidad. Para abordar esto, comparamos repositorios de códigos de barras de ADN con las especies de biodiversidad marina para el Pacífico Sudeste. Obtuvimos una lista de verificación de especies marinas en el Pacífico Sudeste (es decir, Colombia, Ecuador, Chile y Perú) de la base de datos del Sistema de Información sobre Biodiversidad Oceánica (OBIS) y la comparamos con las especies disponibles en el repositorio del Sistema de Datos de Codificación de la Vida (BOLD). De los 5504 registros de especies recuperados de OBIS, el 42% de ellos tenía al menos un espécimen registrado en BOLD (incluyendo especímenes de todo el mundo); sin embargo, solo el 4,5% de los registros correspondían a códigos de barras de ADN disponibles públicamente, incluyendo especímenes recolectados de un país del Pacífico Sudeste. La baja representación de especies con código de barras no varía mucho entre los diferentes grupos taxonómicos o dentro de los países, pero observamos una distribución asimétrica de los registros de código de barras de ADN para los grupos taxonómicos a lo largo de la costa, siendo más abundante para el sistema de la corriente de Humboldt que para la costa del Pacífico centroamericano. Observamos un alto nivel de registros de código de barras con incongruencias en el número de índice de código de barras (BIN), particularmente para peces (Actinopterygii = 30,27% y Elasmobranchii = 24,71%), lo que refleja incertidumbres taxonómicas para peces, mientras que para invertebrados y mamíferos, más del 85% de los registros se clasificaron como con datos deficientes o procedimiento inadecuado para el código de barras de ADN. El código de barras de ADN es una herramienta poderosa para estudiar la biodiversidad, con un gran potencial para aumentar el conocimiento de la biodiversidad marina del Pacífico sudoriental. Nuestros resultados resaltan la necesidad crítica de aumentar el esfuerzo de muestreo taxonómico, el número de especialistas taxonómicos capacitados, las instalaciones de laboratorio, las colecciones científicas y las bibliotecas de referencia genética.
Idioma originalInglés
Número de artículoe0244323
PublicaciónPLoS ONE
Volumen15
N.º12 December
DOI
EstadoPublicada - dic. 2020

Nota bibliográfica

Publisher Copyright:
© 2020 Ramirez et al. This is an open access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Huella

Profundice en los temas de investigación de 'DNA barcoding in the Southeast Pacific marine realm: Low coverage and geographic representation despite high diversity'. En conjunto forman una huella única.

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